Kostel byl založen šlechtickým rodem Bavorů ze Strakonic pravděpodobně začátkem 13. století a již před rokem 1243 darován Bavorem I. řádu sv. Jana Jeruzalemského (též maltézští rytíři nebo johanité). Původně byl zasvěcen sv. Vojtěchu, od 14. století je nazýván kostelem sv. Prokopa. Kostel a konvent s kapitulní síní a ambity prodělaly ještě v průběhu 13. století složitý stavební vývoj, a to v několika etapách.
Nejstarší, pozdně románská etapa je datována před rok 1243 (snad 1220–1235). Původní panský kostel Bavorů ze Strakonic darovaný řádu sv. Jana stál jistě na místě dnešního chrámu, není ovšem jednoznačné, co se z něj v dnešním kostele zachovalo. Nejstarší částí bude zřejmě prostorná západní kruchta (empora, kůr, chór).
Druhá etapa nastává po převzetí kostela řádem svatého Jana, tj. kolem roku 1243. Byla postavena monumentální, 40 metrů vysoká věž, dosud má románský charakter. Z téže doby je i gotický presbytář (kněžiště).
Raně gotický kostel byl dokončen ve třetí fázi na sklonku 13. a počátkem 14. století. Zásluha o dostavbu kostela se přičítá Bavorovi III. (1280/90–1318), který byl podle řádové tradice velkopřevorem. Podoba raně gotického kostela se svými rozměry blížila již kostelu dnešnímu.
Roku 1402 se stávají johanité jedinými vlastníky hradu a po zničení řádového sídla v Praze husity roku 1421 je strakonický hrad trvalým sídlem generálních převorů (do roku 1694, kdy se konvent natrvalo vrátil do Prahy). Tím získaly Strakonice významné postavení a s ním je spojené i zvelebování klášterního kostela.
Významné úpravy kostela byly provedeny počátkem 16. století za velkopřevora Jana z Rožmberka (1511-1532). Byla zaklenuta hlavní loď pozdně gotickou křížovou klenbou o pěti polích s vloženými terakotovými rozetami nad kruchtou. V době třicetileté války (1618-1648) hrad i kostel značně utrpěly vojsky Buquoyovými a Mansfeldovými.
Na počátku 18. století bylo současně se stavbou nové velkopřevorské rezidence vybudováno přemostění mezi jejím patrem a chórem kostela. Toto barokní přemostění bylo bohužel odstraněno po změně majitelů hradu v roce 1934. Vnitřní úprava kostela byla dokončena snad až na sklonku 18. století, kdy během josefínských reforem zmizely z kostela náhrobky velkopřevorů.
V letech 2020-2022 prošel kostel rozsáhlou rekonstrukcí. Byla opravena fasáda, střecha věže, přístupové schodiště. Došlo k zajištění jižní stěny, také okna prošla renovací. Uvnitř kostela se rozvedla elektroinstalace, zabezpečovací a protipožární zařízení. Restaurovány byly oltáře, lavice, výmalba i varhany.
Na den přesně po osmdesáti devíti letech (2. 9. 2021) byl při opravě kostela vložen do věže svatého Prokopa vzkaz budoucí generaci. Do schránky byl uložen dopis od starosty města Břetislava Hrdličky obsahující několik moudrých rad, popis situace ve městě a i krátké ohlédnutí. Další listina, která byla vsunuta do schránky, byla od faráře Romana Dvořáka, správce farnosti. Ta se zaměřila na rekonstrukci kostela. Přidáno bylo několik kovových mincí a tiskovin.
Zajímavosti interiéru
Hlavní oltář svatého Prokopa nechal zřídit roku 1693 vlastním nákladem poslední strakonický infulovaný převor Michael Emerich de Raga. Většina soudobých inventářů připisuje autorství hlavního oltářního obrazu sv. Prokopa významnému českému malíři Karlu Škrétovi, přesto je jeho autorství dnes zpochybňováno. Malované dveře po stranách zobrazují sv. Michaela, archanděla, a sv. mučedníka Vavřince. Roku 1762 byl hlavní oltář sv. Prokopa obnoven velkopřevorem Emanuelem Václavem Kolowratem-Krakovským, dřevěné části oltáře dal roku 1788 pořídit děkan Midlent.
Na oltáři v čele boční lodi kostela je umístěn obraz Narození Páně, jenž má pohnutý osud. V době třicetileté války byl roku 1619 strakonický hrad dobyt a zpustošen vojskem Arnošta z Mansfeldu. Ve zpustošeném kostele nalezl strakonický měšťan Firbas starobylý obraz Narození Páně (snad ze 16. století), zhanobený protestanty (postavám byly propíchány oči). Firbas ho odevzdal karmelitánskému mnichu P. Dominiku Argonia a Santa Maria, který byl papežským pověřencem a průvodcem císařského vojska. Obraz se stal v rukou tohoto horlivého kněze palladiem, jež vedlo císařské vojsko na Bílé hoře k vítězství (1620). Obraz byl od té doby ctěn a nazýván Panna Maria Vítězná (Maria de Victoria). Originál byl převezen roku 1622 do Říma a uložen v karmelitánském kostele na Kvarinálu, kde roku 1882 shořel. Jedna z kopií byla vrácena ve slavném procesí roku 1650 do kostela sv. Prokopa, kde se nachází dodnes.
Varhany - Dnešní novogotické varhany rozeznívající kostel sv. Prokopa nahradily roku 1892 starší hudební nástroj pocházející z let 1660. To dokládá pamětní listina sepsaná při stavbě varhan z roku 1892, která byla nalezena při generální rekonstrukci nástroje v období 2020-2022. Do té doby byly v původním stavu až na dílčí opravy, které měly spíše charakter údržby. Původní i tyto nové - druhé - varhany postavila firma Rejna a Černý. Jedná se o čistě mechanické varhany s elektrickým dmýchadlem (vhání vzduch do měchů). Šlapání, užívané před zavedením elektřiny do kostela, je zachováno pro případ výpadku elektřiny.
Královský nástroj (pojmenování tohoto hudebního nástroje se užívá, díky tomu, že se jedná o mechanicky nejsložitější a zároveň největší hudební instrument) je v novogotické (resp. pseudogotické) skříni. Má dva manuály a pedál, 18 rejstříků, z toho 9 v hlavním manuálu, 5 v druhém a 4 pedálové. Celkem obsahuje 1134 píšťal, největší píšťala je dlouhá 5 m a nejmenší 4 cm. Zhotoveny jsou z kovu (cín, zinek) a dřeva (kombinace smrk, borovice, dub dle velikosti). Při stavbě bylo použito 5 m2 telecí kůže.
Při restaurování varhan v letech 2020-2022 provedeném varhanářem Petrem Nožinou došlo k rozebrání skříně a celého nástroje, vyčištění, sanování červotoče, opravě měchů, obnově vzdušnic a píšťal (dvě musely být vyrobeny nově), revizi mechaniky hracího stroje a ladění nástroje.
(zdroj: Zpravodaj města Strakonice, vydání červen 2023, str. 15, článek Romana Dvořáka)
Z ptačí perspektivy
Celá staletí se na kamenném ostrohu nad soutokem Otavy s Volyňkou ve Strakonicích vypíná středověký hrad. Mohutný komplex s gotickou věží Rumpál je dnes národní kulturní památkou a tvoří nezaměnitelnou dominantu našeho jihočeského města. Vznikl již ve 13. století a nikdy nebyl uzavřeným objektem, vždy patřil k městu a žil s ním.
