Kostel byl založen šlechtickým rodem Bavorů ze Strakonic pravděpodobně začátkem 13. století a již před rokem 1243 darován Bavorem I. řádu sv. Jana Jeruzalemského (též maltézští rytíři nebo johanité). Původně byl zasvěcen sv. Vojtěchu, od 14. století je nazýván kostelem sv. Prokopa. Kostel a konvent s kapitulní síní a ambity prodělaly ještě v průběhu 13. století složitý stavební vývoj, a to v několika etapách.
Zajímavosti interiéru
Hlavní oltář svatého Prokopa nechal zřídit roku 1693 vlastním nákladem poslední strakonický infulovaný převor Michael Emerich de Raga. Většina soudobých inventářů připisuje autorství hlavního oltářního obrazu sv. Prokopa významnému českému malíři Karlu Škrétovi, přesto je jeho autorství dnes zpochybňováno. Malované dveře po stranách zobrazují sv. Michaela, archanděla, a sv. mučedníka Vavřince. Roku 1762 byl hlavní oltář sv. Prokopa obnoven velkopřevorem Emanuelem Václavem Kolowratem-Krakovským, dřevěné části oltáře dal roku 1788 pořídit děkan Midlent.
Na oltáři v čele boční lodi kostela je umístěn obraz Narození Páně, jenž má pohnutý osud. V době třicetileté války byl roku 1619 strakonický hrad dobyt a zpustošen vojskem Arnošta z Mansfeldu. Ve zpustošeném kostele nalezl strakonický měšťan Firbas starobylý obraz Narození Páně (snad ze 16. století), zhanobený protestanty (postavám byly propíchány oči). Firbas ho odevzdal karmelitánskému mnichu P. Dominiku Argonia a Santa Maria, který byl papežským pověřencem a průvodcem císařského vojska. Obraz se stal v rukou tohoto horlivého kněze palladiem, jež vedlo císařské vojsko na Bílé hoře k vítězství (1620). Obraz byl od té doby ctěn a nazýván Panna Maria Vítězná (Maria de Victoria). Originál byl převezen roku 1622 do Říma a uložen v karmelitánském kostele na Kvarinálu, kde roku 1882 shořel. Jedna z kopií byla vrácena ve slavném procesí roku 1650 do kostela sv. Prokopa, kde se nachází dodnes.
Varhany - Dnešní novogotické varhany rozeznívající kostel sv. Prokopa nahradily roku 1892 starší hudební nástroj pocházející z let 1660. To dokládá pamětní listina sepsaná při stavbě varhan z roku 1892, která byla nalezena při generální rekonstrukci nástroje v období 2020-2022. Do té doby byly v původním stavu až na dílčí opravy, které měly spíše charakter údržby. Původní i tyto nové - druhé - varhany postavila firma Rejna a Černý. Jedná se o čistě mechanické varhany s elektrickým dmýchadlem (vhání vzduch do měchů). Šlapání, užívané před zavedením elektřiny do kostela, je zachováno pro případ výpadku elektřiny.
Královský nástroj (pojmenování tohoto hudebního nástroje se užívá, díky tomu, že se jedná o mechanicky nejsložitější a zároveň největší hudební instrument) je v novogotické (resp. pseudogotické) skříni. Má dva manuály a pedál, 18 rejstříků, z toho 9 v hlavním manuálu, 5 v druhém a 4 pedálové. Celkem obsahuje 1134 píšťal, největší píšťala je dlouhá 5 m a nejmenší 4 cm. Zhotoveny jsou z kovu (cín, zinek) a dřeva (kombinace smrk, borovice, dub dle velikosti). Při stavbě bylo použito 5 m2 telecí kůže.
Při restaurování varhan v letech 2020-2022 provedeném varhanářem Petrem Nožinou došlo k rozebrání skříně a celého nástroje, vyčištění, sanování červotoče, opravě měchů, obnově vzdušnic a píšťal (dvě musely být vyrobeny nově), revizi mechaniky hracího stroje a ladění nástroje.
(zdroj: Zpravodaj města Strakonice, vydání červen 2023, str. 15, článek Romana Dvořáka)
Z ptačí perspektivy
Celá staletí se na kamenném ostrohu nad soutokem Otavy s Volyňkou ve Strakonicích vypíná středověký hrad. Mohutný komplex s gotickou věží Rumpál je dnes národní kulturní památkou a tvoří nezaměnitelnou dominantu našeho jihočeského města. Vznikl již ve 13. století a nikdy nebyl uzavřeným objektem, vždy patřil k městu a žil s ním.